Впервые в истории института занятия по физической подготовке были введены как курс по физическому воспитанию при кафедре военно-морской подготовки в 1929 году. В 1934 году была организована самостоятельная кафедра, которая называлась кафедра физической культуры и врачебного контроля.

Первым заведующим кафедрой был ст. преподаватель Сергей Федорович Баронов. Помимо проведения учебных занятий преподаватели вели большую спортивно-массовую работу. В штате кафедры было 12 преподавателей и 2 лаборанта. С 1939 года до начала Великой Отечественной войны заведующим кафедрой был Александр Евгеньевич Шафрановский. В 1944 году занятия были возобновлены. Заведующим кафедрой стал ст. преподаватель Александр Александрович Рамш. Кроме практических занятий по легкой атлетике, спортивной гимнастике и лыжному спорту проходила подготовка и прием нормативов комплекса ГТО.

В 1945 году был создан студенческий спортивный клуб, раздел спортивно-массовой работы возглавлял до 1961 года В.А. Модестов.

В 1950 году кафедру возглавил Юрий Иосифович Данько. Занятия проводились по следующим специализациям: легкой атлетике, спортивной гимнастике, лыжному спорту, спортивным играм. В 1962 году по предложению д.м.н., профессора Ю.И. Данько произошло разделение кафедры на 2 самостоятельных подразделения: кафедра физического воспитания и спорта и кафедра врачебного контроля и лечебной физкультуры. Так впервые в нашей стране была создана специальная кафедра врачебного контроля и лечебной физкультуры.

В 1964 году кафедру физического воспитания возглавил Николай Алексеевич Лебедев. Штатный состав преподавателей кафедры был увеличен до 21 чел, лаборантов – до 8 чел. Началось строительство загородной спортивно-оздоровительной базы и проектирование нового учебно-оздоровительного комплекса на улице Рентгена.

В 1988 году кафедра стала называться кафедрой физического воспитания и здоровья.

С сентября 1999 года кафедру возглавляет Наталия Викторовна Сивас.

В настоящее время кафедра имеет учебную базу – учебно-оздоровительный комплекс с городским и загородным отделениями. Городская база располагает 7 спортивными залами, 25-м бассейном с 5-ю дорожками, учебной комнатой, методическим кабинетом и научной лабораторией. Загородное отделение расположено на территории 16,5 га в 50 км от Санкт-Петербурга на полуострове Зеленый мыс Лемболовского озера (около поселка Васкелово).

В настоящее время на кафедре и в учебно-оздоровительном комплексе работает коллектив в следующем составе: 2 доцента, 12 старших преподавателей, 6 преподавателей – всего 20 человек.

На кафедре 1 к.п.н., из вспомогательного состава – 3 специалиста по УМР и 2 лаборанта. Благоприятные условия для работы обеспечивает коллектив учебно-оздоровительного комплекса, состоящий из 26 специалистов различного профиля. Сохранность загородной базы обеспечивается тремя сотрудниками.

В зависимости от того, к какой медицинской группе – основной, подготовительной или специальной отнесены студенты по результатам медицинского осмотра, они занимаются на основном, подготовительном или специальном отделении, учебные программы которых отличаются и адаптированы к состоянию здоровья, уровню физического развития и подготовленности. Студенты, отнесённые к основной медицинской группе, могут выбрать занятия на одном из отделений: отделении общей физической подготовки, плавания, атлетической гимнастики или фитнеса. Отделение фитнеса новое, пользуется большой популярностью. Для студентов, освобождённых от практических занятий, впервые в нашем регионе в 2004-2005 учебном году было организовано отделение ЛФК, что явилось результатом совместной работы кафедры и отделение физических методов лечения и реабилитации клинико-диагностического центра поликлиники Университета. Занятия проводятся на базе поликлиники, специалистами ЛФК с учётом нозологии заболевания. Для студентов старших курсов организованы элективы по плаванию и атлетической гимнастике, каждый продолжительностью 36 часов.

Учебной программой предусмотрены следующие формы занятий: лекционные на 1 и 2 курсах лечебного, стоматологического и педиатрического факультетов и курс лекций по ТМФВиС для студентов факультетов спортивной медицины и адаптивной физической культуры, который был в значительной степени обновлён 3 года назад в связи с открытием факультета адаптивной физической культуры. Методические занятия также предусмотрены учебной программой на 1 и 2 курсе для студентов всех факультетов.

Тематика лекций и методических занятий посвящена в основном интеграции физической культуры личности и профессиональных знаний, получаемых на других кафедрах. Обычно междисциплинарный синтез рассматривается как личное дело обучающегося. Однако по результатам приёма зачётов, экзаменов и других контрольных испытаний у студентов отмечается низкий уровень сформированности навыков сравнения, сопоставления, экстраполяций, обобщения, нахождения точек соприкосновения между разнокачественными явлениями, синтеза совокупности знаний различной природы. Неоспорим тот факт, что вновь приобретаемое знание, ложащееся на плодородный слой знаний, полученных на смежных дисциплинах, будет способствовать повышению качества учебного процесса. Специально разработанные на кафедре методические приёмы помогают студенту осуществить междисциплинарный синтез знаний.

В вечернее время и выходные от учебных занятий дни преподаватели кафедры становятся тренерами спортивных секций, которых в настоящее время 23, а число занимающихся составляет 330-350 человек, это студенты всех курсов, интерны, ординаторы, аспиранты и сотрудники Университета. Секционная работа – это, в первую очередь, раздел воспитательной работы, свободное время студентов проходит в организованной обстановке коллектива товарищей.

В Чемпионате вузов Санкт-Петербурга ежегодно участвует не менее 300 студентов в 28 видах спорта. Наши студенты в командном зачёте входят в первую двадцатку из 45 вузов города и всегда первые среди медицинских вузов.

У сотрудников кафедры много планов на будущее по совершенствованию учебной, спортивной и оздоровительной работы.