Студенты 1 и 2 курсов без отрыва от учебных занятий в течение трех месяцев должны были пройти специальные курсы медсестер военного времени. Студенты 3 курса были обязаны нести дежурства в качестве медицинских сестер и помощников лекарей. Однако ситуация под Ленинградом катастрофически ухудшалась. Поэтому в августе-сентябре 1941 года студенты и преподаватели были мобилизованы на окопные работы, шедшие в районе Петергофа, Пушкина и Волосово.
В дневнике Б. П. Абрамсона фиксировалось: «На фоне крайне напряженной обстановки 1 августа начинаются учебные занятия с 3 курсом. Лекции и практические занятия посещаются полностью, аудитория переполнена, читать лекции хорошо и приятно. Но уже 15 августа весь третий курс мобилизован на оборонные работы, и учебные занятия прерываются на целый месяц». Занятия в 1ЛМИ возобновились 22 сентября.

Воспоминания Е. В. Усольцевой (февраль 1942 года): «Уведомили нас о начале занятий со студентами 5 курса. В первый момент мне показалось, что это задание переполняет чашу испытываемых тягот и невыполнимо. Но вскоре пришла худенькая, одутловатая „старушка“, закутанная в платок, напоминающий одеяло, и заявила, что она за старосту 5 курса и ей нужно знать, где я завтра буду читать им лекцию. На лекцию пришло 48 студентов-блокадников, у которых было горячее желание скорее закончить институт и врачами пойти в армию. „Старушка“ была Е. А. Чехарина, в последующем — блестящий хирург, доктор медицинских наук, профессор, много лет работавшая в Онкологическом институте… Я читала о переломах лодыжек. Прочитав основную часть лекции, я решила показать больных. Подошла со студентами к топчану, на котором лежала женщина-стрелочница 30 лет. Открыв ногу и сняв повязку, мы увидели открытый внутрисуставный перелом лодыжек, причем сочленяющиеся поверхности были видны в обширной цинготной язве, занимающей всю тыльную поверхность стопы. За двое суток после
травмы и кровоподтека образовалась типичная некротическая цинготная язва. Больная тихо скончалась в нашем присутствии».

Из «Дневника» В. Г. Гаршина (апрель 1942 года): «Студентов делалось все меньше. В аудитории, когда подходишь к ней, не слышно веселого гула молодых голосов, гула, к которому привык прислушиваться с радостным волнением. Сидят в пальто, в шапках, жмутся к печурке, во время чтения лекций сами подкладывают дрова и задумчиво смотрят на огонь. Доходят ли до них мои слова? Часто нет физических сил дотянуть лекцию до конца. Кончаю иногда после грустной просьбы слушателей — „Кончим сегодня; вам трудно, мы видим…“ Идут экзамены. Слушаю — отвечают недурно! Усвоили лекционный материал! Откуда у них силы? У меня они иссякли к началу января». 

Эти же печурки и сидящих перед ними студентов видела и В. М. Инбер:
Студент… Огонь он только что раздул.
Старательно распиленный на чурки,
Бросает он в него последний стул.
А сам перед игрушечной печуркой,
На корточках (пусть пламя припечет)
Готовит он очередной зачет.
В. М. Инбер. Поэма «Пулковский меридиан».

2 ноября 1942 года институт выпустил 225 молодых врачей, их них 40 человек с отличием. Из «Дневника» Б. П. Абрамсона: «2 ноября 1942 г. 23 ч. 15 мин. Вчера был совсем „мирный“ вечер. Состоялся торжественный 47-й выпуск врачей нашего института. Окончило его 225 человек — все мои питомцы. Приятно было поэтому выступить перед ними с прощальным словом и почувствовать на себе дыхание этой общей любви… После торжественной части был отличный концерт, потом ужин (по талончикам — рюмка водки, винегрет, 4 кусочка хлеба, 10 гр. масла, 10 гр. икры и 10 гр. сыра — сохраняю для памяти и для сравнения с будущими банкетами!) и, наконец, танцы. И я потанцевал с моими милыми девушками».

Из «Дневника» В. Г. Гаршина: «В 1943 году я опять читал лекции тем же студентам, с которыми простился в голодные месяцы 1942 г. Теперь они уже кончают курс, готовятся стать врачами. Те же знакомые, милые мне лица. Но в них какая-то новая черточка. Ее наложило не только время — это ленинградская метка скорби и стойкости. Мы встретились как родные, близкие люди. Я знаю — это на всю жизнь. Для меня, по крайней мере. Быть может, молодые души моих слушателей и утратят это чувство, когда дальнейшая всегда суровая и всегда прекрасная жизнь вытеснит или затушует пережитое в ранней юности».

А. Б. Вериго, заведующий кафедрой физики, математики и информатики (1943–1957 гг.) занимался изучением космических лучей. 12 октября 1943 года, после полученного оповещения об обстреле, секретарь партийного комитета А. И. Науменко пошел проверять учебное здание и укрыл студентов и преподавателей. А через несколько минут случилось прямое попадание снаряда в аудиторию, где профессор А. Б. Вериго незадолго до того читал лекцию.