В январе 1942 года занятия были временно прекращены. Отчасти это объяснялось тем, что студентов 2 и 3 курсов мобилизовали для выявления дистрофии в квартирах у жителей Ленинграда, а студенты 4 курса продолжали работать в поликлиниках, медпунктах города. Воспоминания студентки 1 ЛМИ военных лет Л. А. Сергеевой: «В январе 1942 года работали в медпункте Финляндского вокзала. „Медпункт“ располагался в двух комнатах. В одной лежали больные, в другой — перевязочная. Тут уж мыне знали ни минуты покоя… Перевязки следовали за перевязками… Началась посадка в эшелон. Надо наблюдать за посадкой, помочь сесть слабым».
С 23 февраля 1942 года в 1 ЛМИ возобновились учебные занятия, а в марте — практические занятия, половина которых проходила в госпиталях. При этом часть профессорско-преподавательского состава была эвакуирована или назначена на различные должности в действующей армии. Так, по состоянию на начало 1942 года, из 46 профессоров 1 ЛМИ уехали 12. Профессора Ю. Ю. Джанелидзе назначили на должность главного хирурга Балтийского флота, с Академией Наук выехала профессор О. В. Подвысоцкая. Часть профессуры в лице Г. Ф. Ланга, Г. В. Шора, К. К. Скробанского категорически отказывалась выехать и продолжала работать в стенах института.
Из воспоминаний студентки Н. Г. Тенигиной: «Мы слушали лекции в разных аудиториях, довольно часто в зале Ленина. 14 октября 1943 года около 3 часов дня после последней лекции мы, не торопясь, шли домой. Когда мы дошли до угла ограды, раздался невероятной силы взрыв, казалось, что задрожала даже земля. Одна мысль пронзила нас всех — где же? Затем нам сказали, что это — в зале Ленина. Вернее — в артистической комнате рядом с залом…
Что было бы, если это произошло на 5 минут раньше?»
1 августа 1944 года институт окончили всего 69 человек. Студенты 3 и 4 курсов летом проходили производственную практику. Студенты младших курсов продолжали работать на торфоразработках, обеспечивая город дешевым топливом. Об этих работах упоминается в воспоминаниях Н. Г. Тенигиной. Приводимый отрывок посвящен лету 1943 года, но летом 1944 года характер и условия работы оставались теми же: «Хоть шел уже третий год войны, но блокада еще не была прорвана, нам всегда хотелось есть; утром и вечером нам приходилось иногда пешком проходить долгий путь домой, укрываясь в подворотнях от бомб и обстрелов. Мы принимали участие во всех работах, проводившихся в институте и вне его. Например, добыча торфа в Рахье, где условия были очень тяжелыми. При отправлении на торф нас осматривал врач. Я была освобождена по состоянию здоровья и занималась в это время уборкой в библиотеке. Но по воскресеньям нас тоже посылали в Рахью. Ватная куртка, рабочие брюки и сапоги — распространенный костюм блокадника, всегда готового к неожиданным и не очень приятным явлениям ежедневного бытия. Мы видим здесь глыбы торфа, которые отрываем руками от земли».
