Обстоятельства военного времени вынуждали руководство корректировать учебную программу. 28 октября 1941 года директор 1ЛМИ И. Д. Страшун, выступая на общем партийном собрании, заявил: «Мы обязаны готовить врачей в сокращенные сроки и в первую очередь по нужным для военного времени дисциплинам. Остальное дадим после войны…» Поэтому занятия в 1ЛМИ велись по ускоренной программе. Лекционные потоки были укрупнены. Увеличивались часы для самостоятельной работы. Сокращались учебные часы, отводимые на курсы гигиены, патанатомии и педиатрии. Соответственно, увеличивались часы, отводимые на хирургию, терапию и инфекционные болезни. В августе 1941 года была утверждена новая программа физической подготовки студентов.

Из доклада профессора Г. В. Шора по экзаменационной сессии ГЭК 3 августа 1942 года (протоколы заседаний Ученого совета. 1942 г. Стенографический отчёт заседаний Учёного совета ноябрь – декабрь 1942 г.): «Мы приступили к экзаменам с большим опасением, как бы молодые врачи не дали плохих ответов ввиду тех условий, в которых мы и они жили в последний год, но оказалось, что результаты были хорошие».

Из выступления директора 1 ЛМИ (1941–1943 гг.) И. Д. Страшуна в феврале 1942 года на совещании директоров ленинградских медицинских вузов с заместителем
председателя комитета по делам высшей школы «О задачах медицинских вузов в связи с началом военных действий»: «…Необходимо взять 3 и 4 курсы на котловое довольствие. Студенты этих курсов — наш самый дорогой, самый ценный фонд. Ведь это 1 300 человек выпускников ленинградских медвузов, которые могли бы стать военными врачами, ведь это — обслуживание 1 300 батальонов, а в случае эпидемии — 1 300 районов.
Слушатели 3 курса (1 200 человек) могли бы, при досрочном выпуске их, работать в качестве либо военных фельдшеров, либо помощников санитарных врачей. Каждый день промедления в смысле облегчения участи будущих врачебных кадров — смерти подобен».

Летом 1942 года прошел очередной прием на первый курс 1 ЛМИ. Как следует из протокола заседания партбюро (протокол № 39 от 27 ноября 1942 года): «Подано заявлений в институт 461. Из них 41… взято обратно по причинам территориального характера. Зачислено было 317 чел., сегодня поступило еще 14 заявлений. Окончившие школу в 1940–1941 учебном году (десятилетку) принимаются без экзаменов, до 1940–1941 гг., учившиеся в других вузах, принимаются без экзаменов. Тем, кто имеет образование в объеме 9-летки — придется сдать вступительные экзамены по политграмоте, химии, литературе».

Библиотекари 1 ЛМИ делали все возможное, чтобы сохранить библиотечный фонд и обеспечить всех студентов учебниками. Выдача книг в научном отделе сократилась в 1941–1942 гг., но развился межбиблиотечный абонемент по снабжению расположенных поблизости военных госпиталей
литературой.
Из «Воспоминаний» Т. А. Никифоровской: «В художественном отделе бывало тогда особенно много читателей — студентов и преподавателей. Многие запасались книгами для чтения в бомбоубежище или во время дежурства. Большим спросом пользовалась приключенческая литература, например, романы Дюма. Самой мне в трудные дни блокады особенно нравились северные рассказы Джека Лондона, герои которых переносят голод и холод, не утрачивая мужества и энергии…»