Накопленный за годы войны научный материал стал основой для фундаментальных обобщающих работ. Одной из самых значимых стала коллективная монография «Алиментарная дистрофия и авитаминозы. Научные наблюдения за два года войны», изданная летом 1944 года в сборнике «Ученые записки 1ЛМИ». Всего же за годы войны сотрудниками 1ЛМИ было издано 11 монографий и 3 учебника. Из воспоминаний Ю. М. Гефтер: «История нам не простит, если мы не проведем исследования нарушений обмена веществ у больных блокированного Ленинграда. Специально создать такие условия для исследования будет невозможно».
М. Д. Тушинским и В. А. Гольманом, на основании материалов, полученных на базе пропедевтической терапевтической клиники 1ЛМИ и Центрального аптечного склада, была подготовлена работа «О клинических испытаниях фармацевтических препаратов, изготовленных во время блокады Ленинграда».
Доцент З. В. Оглоблина разработала методику лечения острой артериальной непроходимости. Доктор Н. В. Коваленко — методику лечения закрытых переломов бедра. П. П. Львов, заведующий кафедрой челюстно-лицевой хирургии, разработал методы лечения слизистой рта при дистрофических изменения. Доктор А. И. Дардык изучал вторичное кровотечение крупных кровеносных сосудов после огнестрельных челюстно-лицевых ранений и т.д. Акушерско-гинекологическая клиника под руководством К. К. Скробанского занималась изучением родов и смертей матерей и новорожденных, а также акушерско-гинекологической помощью в Ленинграде.
Е. Л. Вендерович классифицировал последствия закрытой травмы головного мозга. Е. С. Драчинская уделяла большое внимание лечению огнестрельных и тяжелых переломов. К. Т. Глухов изучал проблемы ранней диагностики и адекватной терапии смертельно опасной и распространенной в то время инфекции сыпного тифа. В 1944 году им была издана монография «Течение сыпного тифа при пониженном питании». Т. С. Истаманова описала асцитическую форму алиментарной дистрофии, проанализировала особенности патогенеза и клиники пневмоний у раненых, в том числе в грудную клетку.
Сотрудники института играли ведущую роль в восстановлении работы научных обществ, деятельность которых возобновилась в начале мая 1942 года. Первым начало свои заседания общество терапевтов, председателем которого был избран М. В. Черноруцкий. В. Г. Гаршин: «Собрался почти весь медицинский мир города. ‹…› Прежде я не видел таких дружных заседаний — как-то отпали мелкие страстишки, не сказывались ложные самолюбия, не было мелкого соревнования, суетной погони за приоритетом. Я иногда забирался на верхние скамьи высокого амфитеатра аудитории и смотрел на склоненные над бумагой головы, седые и лысые, русые и темново- лосые, мужские и женские. Почти все усердно записывали. Понял — люди учились друг у друга». Возобновились заседания общества паталогоанатомов, Пироговского общества, научных обществ акушеров и гинекологов, невропатологов.
В 1943 году в Ленинграде впервые в стране при Ленгорздравотделе был введен институт главных специалистов, куда вошли: М. Д. Тушинский (главный терапевт города), М. В. Черноруцкий (председатель комитета по изучению алиментарной дистрофии), Д. М. Гротель (председатель комитета по гипертонической болезни), В. Г. Гаршин (главный патологоанатом), К. Т. Глухов (главный инфекционист), К. К. Скробанский (главный акушер-гинеколог).
