На базе Петропавловской больницы в Санкт-Петербурге в 1897 году был открыт Женский медицинский институт. Кафедра и клиника госпитальной хирургии были размещены в трехэтажном единственном каменном здании Петропавловской больницы, названным «Суворовским корпусом» в честь попечителя князя Суворова, где находилась в течение 60-ти лет. Ныне в нем располагается кафедра общей хирургии.
Первым заведующим хирургического отделения этой больницы стал доктор Е. Валь, а первым директором клиники госпитальной хирургии доктор медицинских наук, профессор Александр Александрович Кадьян (1849–1917), руководивший кафедрой с 1900 по 1917 гг.
Работа госпитальной хирургической клиники и хирургического отделения больницы была всегда совместной. В клинике выполнялись операции на органах брюшной и грудной полости. Большое внимание уделялось гнойной хирургии и травме.
За время руководства клиникой профессором А.А. Кадьяном научная работа кафедры велась по самым разнообразным отделам хирургии. Из клиники вышли работы по пластической и восстановительной хирургии (В.М. Рокитский); о сосудистом шве (А.И.Морозова), лечению сосудистых аневризм (В.М. Рокитский, С.М. Лисовская), введению измельченной надкостницы при замедленной консолидации переломов (С.Н.Лисовская). Ряд работ был посвящен изучению сепсиса (А.А. Кадьян). В 1914 году вышла монография А.А. Кадьяна «Заболевания кишок и брыжейки».
С 1917 по 1927 гг. кафедру возглавлял выдающийся хирург России основоположник отечественной онкологии академик АМН СССР член корреспондент АН СССР, заслуженный деятель науки, лауреат Ленинской 
премии, Герой социалистического труда Николай Николаевич Петров (1876–1964).
Больные поступали клинику по направлению районных амбулаторий и по «скорой помощи». Н.Н. Петров и его сотрудники изучали действие антисептических растворов – жидкости Дакена, Реванола. Работали над лечением хронических остеомиелитов и сепсиса. Направленность научной работы в период заведывания кафедрой профессором Н.Н. Петровым изменилась. При этом особенно много внимания уделялось различным отделам онкологии. Большая часть публикаций была посвящена клинике злокачественных опухолей, экспериментальному воспроизведению рака, изучению канцерогенного действия каменноугольного дегтя (Н.А. Кроткина, Н.Н. Петров). В 1926 году вышло второе издание монографии Н.Н. Петрова «Общее учение об опухоли».
В 1927 г. на заведывание кафедрой госпитальной хирургии Первого Ленинградского медицинского института с клиникой вступил профессор Юстин Юлианович Джанелидзе (1883–1950) академик АМН СССР, Герой социалистического труда, лауреат Сталинской премии, генерал-лейтенант медицинской службы.
В связи с увеличением количества студентов, а также изменением системы преподавания базы клиники оказалось недостаточно. С 1927 года занятия велись параллельно в больницах имени Первухина, имени Слуцкой. С приходом на кафедру Ю.Ю. Джанелидзе многие научные исследования были посвящены травматологии (Ю.Ю. Джанелидзе, З.В.Поль, Т.И.Мошкара, Т.О.Корякина, Н.В.Коваленко, Е.В.Усольцева).
Ещё в 1922 году. Ю.Ю. Джанелидзе предложил новый способ вправления вывиха плеча. Им же разработана новая операция для лечения привычного вывиха локтевой кости в дистальной лучелоктевом суставе. Вопросы пластической хирургии отражены в работах Ю.Ю. Джанелидзе, С.П.Иванова. Э.Н. Степановой. В 1927 г. профессор Джанелидзе и З.В.Оглоблдина опубликовали работу об эмболэктомии при артериальной непроходимости. В 1933 г. Была опубликована работа Джанелидзе в которой были освещены методы лечения кровоточащих язв желудка. В работе З.В.Оглоблдиной изучены показания и техника энтеростомии при кишечной непроходимости. Приоритет русских хирургов в разработке способов свободной пластики кожи доказан в монографии Ю.Ю. Джанилидзе (1945). Изучению лечения ожогов были посвящены работы И.И. Рупенко, С.П. Иванова, Б.Н. Постникова. Обширный клинический материал по ожогам был подытожен в докладе профессора Джанелидзе на XХIV Съезде хирургов. За первые 50 лет было опубликовано около 400 работ. С 1939 года по 1941 г. При клинике были организованы кратковременные курсы по военно-полевой хирургии. Всего курсы прошли свыше 200 врачей.
Следует подчеркнуть, что с момента основания кафедры госпитальной хирургии все работавшие сотрудники были высококлассными специалистами, искренними патриотами своей родины, отсюда естественно они принимали самое активное участие в лечении раненых в период Первой мировой войны, Великой Отечественной войны, в дни блокады Ленинграда. Серьезные коррективы внесла Великая Отечественная война и в учебный процесс. В ноябре 1941 г. Занятия и лекции временно прекратились и студенты были выпущены без государственных экзаменов. Занятия возобновились в феврале 1942 г. по сокращенной программе. В июне 1945 г. после возвращения клиники в свое основное помещение занятия возобновились в нормальных условиях по обычной программе. В послевоенные годы вышло много работ по лечению последствий огнестрельных ранений грудной клетки, а также вышла монография Ю.Ю. Джанелидзе «Бронхиальные свищи огнестрельного происхождения».
С 1950 по 1991 гг. кафедрой госпитальной хирургии руководил ученик Н.Н. Петрова, один из основоположников торакальной и современной сердечно-сосудистой хирургии в России, академик РАМН, лауреат Ленинской премии, Первой национальной премии «Призвание» в номинации «За верность профессии», Международной премии святого Андрея Первозванного в номинации «За веру и верность», занесенный в Книгу рекордов Гиннеса, как старейший практикующий хирург в России и СНГ – Федор Григорьевич Углов (1904–2008).
С приходом на заведывание кафедрой Ф.Г. Углова была начата практическая и научно-исследовательская работа по освоению хирургии легких, обобщенная в трех докторских и 20 кандидатских диссертациях (А.В. Афанасьева, А.Л. Стуккей, А.Я. Сомихин, Ю.М. Репин, Ф.А.Мурсалова, Л.И. Краснощекова, А.Д. Барышникова, Н.И. Нарбут, Н.Г. Панкратова, В.Н. Зубцовский, М.Б. Дубинский, В.П. Пуглеева, В.А. Соловьев, А.А. Неверов, А.Н. Нечаев, П.Ф. Кокостняков, В.И. Страшнов, О.А.Родин, И.И. Проходцев).
В 1950 г. вышли монографии Ф.Г. Углова: «Резекция легких, показания, методика лечения», в 1958 г. – «Рак легкого». В 1966 году на территории института завершилась начатая по инициативе Ф.Г. Углова строительство нового шестиэтажного корпуса, в который переехала кафедра и клиника госпитальной хирургии.
Большое внимание на кафедре было уделено лечению портальной гипертензии. Результатом этой работы стала монография «Хирургическое лечение портальной гипертензии» (1964), а также были защищены докторские диссертации Т.О. Корякиной, Н.У. Усмановой и кандидатская диссертация А.Я. Харахаша.
В 1972 г. клиника госпитальной хирургии была реорганизована. Были созданы две самостоятельные кафедры – кафедра госпитальной хирургии № 1, где проходили обучение студенты 5 курса и кафедра госпитальной хирургии № 2, на которой обучались студенты 6 курса. Кафедру госпитальной хирургии № 1 возглавил профессор Н.В. Путов, а во главе кафедры госпитальной хирургии № 2 стал акад. Ф.Г. Углов. Клиника и кафедра переехали в историческое здание построенное в 1910–1912 годах архитектором Г. Ностремом по инициативе и на средства Марты Людвиговны Нобель-Олейниковой, где находится по настоящее время.
Академик Ф.Г. Углов руководил кафедрой на протяжении 40 лет, а позднее, уйдя с заведывания кафедрой, с 1991 до 2008 г. Ф.Г. Углов продолжил работать в должности профессора.
Работа по изучению хирургического лечения заболеваний сердечно-сосудистой системы была начата ещё при И.И. Джанелидзе. Уникальный клинический опыт хирургического лечения ран сердца был им обобщен в опубликованной в 1927 г. монографии «Раны сердца и их хирургическое лечение». Отдаленные результаты хирургического лечения ран сердца и последствий повреждения венечных сосудов при этой патологии были представлены в многочисленных статьях Ю.Ю. Джанелидзе опубликованных в периодической печати.
С 50-х гг. ХХ в. разработка, освоение и совершенствование хирургического лечения приобретенных и врожденных пороков сердца стала проводиться под руководством Ф.Г. Углова.
За период с 1956 по 1959 гг. он одним из первых в нашей стране выполнил ряд «закрытых» хирургических операций на работающем сердце: чреспредсердную, чрезжелудочковую комиссуротомию при митральном стенозе, аортальную комиссуротомию при аортальном стенозе, аортально-митральные комиссуротомии при сочетанных пороках митрального и аортального клапанов; закрытие вторичных дефектов межпредсердной перегородки стягивающей лигатурой. В 1959 г. Ф.Г. Углов выполнил открытую митральную комиссуротомию под общей гипотермией. С 1961 г. в клинике были внедрены операции коррекции врожденных пороков сердца в условиях искусственного кровообращения: ушивание дефектов межпредсердной и межжелудочковой перегородок, радикальное устранение триады и тетрады Фалло, а с 1962 г. – открытые митральные и аортальные комиссуротомии в условиях искусственного кровообращения.
В 1964 г. в клинике было начато лечение недостаточности клапанов сердца методом протезирования. Для клинических испытаний в клинику госпитальной хирургии поступали первые модели отечественных шаровых протезов клапанов сердца, и все их последующие модификации. Работа по совершенствованию хирургической коррекции клапанных пороков сердца с использованием МПКС была творчески продолжена на кафедре госпитальной хирургии № 2.
Кафедра госпитальной хирургии № 2 одной из первых в стране получила и успешно внедрила в клиническую практику поворотно-дисковые протезы клапанов сердца ЛИКС-2, а затем ЭМИКС.
Дальнейшее исследование и совершенствование клинического применения протезов клапанов сердца было продолжено под руководством ученика Ф.Г. Углова доктором медицинских наук, профессором В.В. Гриценко (1938–2014), руководившим клиникой с 1991 по 2011 г. результаты научных исследований профессора В.В. Гриценко изложены в 450 печатных работах, в том числе в шести монографиях. В.В. Гриценко соавтор двух изобретений и 25 рационализаторских предложений. Под его руководством выполнены и защищены 4 докторских и 18 кандидатских диссертаций.
С 1995 г. для коррекции клапанных пороков сердца в клинике госпитальной хирургии № 2 стали использоваться двухстворчатые модели протезов клапанов сердца.
Более совершенные конструкции двухстворчатых моделей протезов клапанов сердца, возросшее мастерство хирургов, современное техническое обеспечение кардиохирургических операций позволило внедрить протезирование аортального клапана в сочетании с редукцией левого предсердия. В клинике выполняется операция Бенталла-Де-Боно. Внедрены пластические операции на клапанах сердца.
В клинике широко проводится хирургическое лечение больных как с изолированной ишемической болезнью сердца, так и при сочетании ишемической болезни сердца с пороками клапанов сердца. При этом используется весь современный арсенал средств реваскуляризации миокарда: аутовенозное аортокоронарное и маммарокоронарное шунтирование, малоинвазивные эндоваскулярные операции – чрескожная баллонная коронароангиопластика со стентированием.
Также на основе фундаментальных исследований подробно изучены анатомо физиологические особенности и биомеханика аортального клапана, обосновано преимущество его протезирования оригинальным бескаркасным биопротезом на который получен патент (В.В. Гавриленков). Профессором кафедры В.И. Гавриленковым также разработана и запатентована уникальная технология ануллорасширяющего протезирования клапанов сердца. Новым направлением в научной работе проводимой под руководством В.В. Давыденко, стало экспериментально-клиническое исследование оценки эффективности и безопасности использования клеточных технологий для лечения сердечно-сосудистых заболеваний. Работа проводится совместно с институтом цитологии РАН, Центром детской гематологии им. Р.М.Горбачевой, Российским центром радиологии и хирургических технологий.
С 1969 г. под руководством академика Ф.Г. Углова, а затем с 1991 г. профессора В.В. Гриценко сотрудниками кафедры и клиники проводится большая научно-исследовательская работа одним из основных направлений которой является совершенствование конструкций отечественных протезов клапанов сердца. При этом гидродинамические характеристики протезов и структура потока при работе всех моделей отечественных протезов клапанов сердца были изучены в эксперименте сотрудниками клиники П.И. Орловский, В.В. Гриценко, В.Н. Зубцовским, В.В. Давиденко, Т.А. Вербовой, В.И. Гавриленковым, О.Б. Мочаловым, Т.И. Петришиной. Работа проводится совместно с кафедрой гидроаэродинамики Ленинградского политехнического институту М.И.Калинина. Была изучена специфика обтекания кровью запирающих элементов протезов разных конструкций, проводилась оценка тромбонакопления на протезах, доказан закрученный характер потока крови в левом желудочке сердца и аорты. С учетом положительных моментов, которые вносит в работу сердца закрученный поток крови, были разработаны принципиально новые экспериментальные малогабаритные модели, позволяющие в митральной и аортальной позициях формировать вращающийся поток крови. Эти модели защищенные 19 авторскими свидетельствами СССР и патентами РФ. Также были разработаны оригинальные установки для изучения характеристик протезов защищенные 11 авторскими свидетельствами СССР и патентами РФ. На кафедре разработана оптимальная схема контроля за больными с искусственными клапанами сердца и проведения у них антикоагулянтной терапии.
За период с 1960 г. по настоящее время под руководством академика Ф.Г. Углова и В.В. Гриценко сотрудниками кафедры госпитальной хирургии в дальнейшем госпитальной хирургии № 2 по проблеме хирургического лечения пороков клапанов сердца защищены 11 докторских и 38 кандидатских диссертаций.
Обширный материал по детальному изучению гидродинамических характеристик МПКС был обобщен в кандидатской диссертации доцента П. И. Орловского: «Гидродинамическое исследование искусственных клапанов сердца» (1975). Под руководством В. В. Гриценко была защищена диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук В.В. Давыденко «Влияние отечественных конструкций искусственных клапанов сердца на гемолиз. (Клинико-эксперим. исслед.) (1989). В последующем обширный материал по изучению характеристик всех поколений отечественных и зарубежных МПКС как экспериментальный раздел вошел в докторскую диссертацию П.И. Орловского «Гомеостаз больных с механическими искусственными клапанами сердца в отдаленные сроки наблюдения (2002). Результаты изучения системы гемостаза у больных с механическими искусственными клапанами сердца отражены в докторской диссертации Т.В. Вавиловой (2004) и кандидатских диссертациях М.И. Кадинской (2004), А.Н. Галилеевой (2004), Д.П. Полежаева (2005).
Особенности анестезеологического обеспечения и оптимизации режима искусственного кровообращения при операциях коррекции клапанных пороков сердца представлены в докторской диссертации В.Н. Чуфарова (1986), В.А. Бокарева (1963), Н.М. Желвакова (1966), И.Л. Рассветаева (1966), В.И. Страшнова (1966), В.А. Войнова (1969). Значение катетеризации и ангиографии в диагностике пороков сердца дано в кандидатских диссертациях В.А. Герасина (1966), К.Н. Лазаревой (1968), А.А. Воронова (1959), С.М. Лазарева (1983), Некласова Ю.Ф. (1965). Вопросом внедрения медицинской электроники в диагностики врожденных и приобретенных пороков сердца была посвящена докторская диссертация А.В. Смирнова (1966). Влияние оперативных вмешательств на сердечно-сосудистую деятельность показаны в докторской диссертации А.М. Рулли (1968). Опыт применения глубокой гипотермии в хирургии сердца обобщен в докторской диссертации Мамедова И.В. (1969). Эффективность хирургической коррекции митрального порока сердца методом протезирования показана в докторской диссертации В.Н. Зубцовского (1971). Оценка медицинской и социально-трудовой реабилитации у оперированных больных с врожденными и приобретенными пороками сердца отражена в докторской диссертации В.В. Гриценко (1986) и кандидатских диссертациях О.Ю. Мочалова (1986), В.И. Гавриленкова (1984), Е.И. Дзямидзенко (1990), В.М. Мирошкиной (1993). Изучению современных возможностей хирургической коррекции микрососудистой ишемии миокарда у больных пороками клапанов сердца посвящена докторская диссертация В.В. Давыденко (2007). Исторические аспекты разработки и клинического использования отечественных МПКС отражены в кандидатской диссертации Т.А. Вербовой (2009).
Сотрудниками кафедры выпущены многочисленные пособия для студентов и врачей.
В настоящее время на кафедре госпитальной хирургии № 2 ведется активная научно-исследовательская работа по продолжению изучения клинического применения отечественных МПКС, возможностей улучшения конструкций протезов клапанов сердца и совершенствованию методов хирургической коррекции клапанных пороков сердца.
В 2007 г. издана монография коллективом авторов П.И. Орловский, В.В. Гриценко, А.Д. Юхнев, В.И. Гавриленков, С.В.Евдокимов, Т.А.Вербовая «Искусственные клапаны сердца». В 2009 г. совместно с сотрудниками ВМА им. С.М.Кирова опубликована монография «Бескаркасные биопротезы в хирургии пороков клапанов сердца» (Г.Г. Хубулава, Н.Н. Шихвердиев, В.И. Гавриленков, В.С. Кучернко). В 2010 г. Вышла монография «Механические протезы клапанов сердца СССР и России (прошлое и настоящее создания и применения)» (Т.А. Вербовая, В.В. Гриценко, С.П. Глянцев, В.В. Давыденко, А.В. Самков, С.В. Евдокимов, А.Б. Белеветин, В.С. Никифоров).
На кафедре проведено эксп6ериментально-клиническое исследование по изучению оптимальных характеристики электро хирургического инструмента и на основе этого создан и запатентован оригинальный аппарат «ЭХА МИНИ 01», позволивший минимизировать травму при диссекции ткани и обеспечить оптимальные условия для заживления ран (А.С. Лапшин, Д.П. Грицаенко). В клинике также проведено экспериментально клиническое исследование и показана высокая терапевтическая эффективность использования в комплексном лечения больных с трофическими язвами дермального эквивалента – аллогенных фибробластов заключенных в фибриновый гель (А.Ж. Мельцова). Эта технология позволяет значительно укорить процесс заживления трофических язв.
Клиника госпитальной хирургии № 2 обеспечивает высококвалифицированной специализированной помощью больных Санкт-Петербурга, Ленинградской, Новгородской, Псковской, Вологодской областей и других Северо-Западных регионов страны выполняя 200 кардиохирургических операций в условиях искусственного кровообращения в год. Сотрудники общехирургического отделения клиники госпитальной хирургии № 2 выполняют сложнейшие операции на органах брюшной и грудной полости, при опухолях надпочечников и внеорганных опухолях забрюшинного пространства, внедряя оригинальные методики операций. В настоящий момент клиникой госпитальной хирургии № 2 руководит доктор медицинских наук, профессор С.М. Яшин. Известный специалист – в области лечения больных с нарушением сердечного ритма. Обобщение накопленного опыта работы осуществлено в 2000 году в его докторской диссертации «Высокочастотная катетерная деструкция проводящих путей сердца у больных тихиаритмиями». Сегодня клиника располагает специально оборудованной современной рентгенохирургической операционной, предназначенной для выполнения аритмологических операций любой сложности. С приходом профессора С.М. Яшина клиника госпитальной хирургии № 2 становится главным центром оказания аритмологической помощи в ПСПбГМУ им. И.П. Павлова и ведущим экспертным центром в области аритмологии Северо-Западного региона России.
31 мая 2010 года решением Ученого совета университета кафедре госпитальной хирургии № 2 присвоено имя академика Ф.Г. Углова.
